私の使っている英会話の本の中に
I　didn’t think Tokyo was that expensive という例文があるのですがこの本のなかでは訳として（東京がこんなに物価が高いとは思わなかった）とあるのですが、ねぜか訳がしっくりこないのです。
この例文の本当のニュアンスとして①東京はそんなに物価が高いとは思わなかった→東京の物価が高いとは思わなかった　②東京はこんなに物価が高いとは思わなかった→東京の物価は思っていたよりも高かった
の二つのうちどちらがこの例文のニュアンスを表しているのでしょうか？

②のほうでしょ。 　

この例文の本当のニュアンスとして
1 東京はそんなに物価が高いとは思わなかった→東京の物価が高いとは思わなかった　
2 東京はこんなに物価が高いとは思わなかった→東京の物価は思っていたよりも高かった


この文に音があれば、それから判断はできる。

1 なら、"I" にストレスを置く。『僕は、東京の物価がそんなに高いとは思わなかったよ。』（東京の物価を、そう感じる人は少ないとは思うが。）

2 なら、"that expensive" にストレスを置く。『東京の物価が、こんなに高いなんて、思ってもみなかった！』

もし音がなければ、この文章が！で終わっていれば、ほぼ間違いなく2。ピリオドなら、残念ながらどちらもあり得る。

その場合、この例文だけではどちらかわからない。前後の会話や文脈が必要。

ex)
1 How was your trip to Tokyo? It was expensive, wasn’t it?
You know, I live in New York all my life. So, I didn’t think (feel) Tokyo was that expensive.

2 How was your trip to Tokyo?
Well, people often say that it’s an expensive city, right? But, man, I didn’t think (know or expect) Tokyo was that expensive. I’m flat broke now. 　

もし１の訳にしたいなら、単純にnotの場所を変えればよいだけでは？
東京の物価が高いとは思わなかった→東京はそれほど高くないと思った。
　
I thought Tokyo was not that expensive. 　

ちょっと質問が違ってしまうんですが、疑問におもいました。
I didn’t think Tokyo was that expensive.
なんですが、東京が物価が高いのはほぼ変わらない事実なので
この場合、　
I didn’t think Tokyo is that expensive.
にはならないんですか？　同じ例としては
I didn’t konw the sun rises in the east.
太陽が東から昇るのは変わらない事実なので過去形には
ならないと習った記憶があります。
どうなんでしょうか？ 　

↑物価は変動するものなんじゃ？？ 　

東京の物価が高いという事実と、太陽が必ず東から昇るという事実を同じレベルにするのは、あまりにも、あまりにも、無理がありすぎるのでは？物価は「真理」ではありません。太陽と比べては失礼です（笑）

文法的には、太陽が東から昇るとか、地球に空気があるとか、ゆるぎない事実＝「真理」の場合以外は、時制を一致させるのが、正しいです。

しかし、口語などでは、話者がどう感じるかによって、時制を一致させないこともあります。つまり、話し手が、話している時点で「東京の物価が高い」ということを、感じながら話しているのであれば、現在形にしても良いということです（もちろん機械的に過去形にしても良いです。） 　

なるほど、、、よくわかりました。
確かに太陽と物価を比べるのは無理がありますね。
物価とほぼ同じレベルでいうならば
I saw Jim yesterday, and I thought he is a smart person.
このばあいは　ジムが頭がいいというのは昨日の事だけではないので
現在形でもいいんですよね、？