明後日から、カナダのオタワにバンクーバー乗り継ぎで行きます。バンクーバーの空港には２時間ほどいるのですが、もし、入国審査などで遅れてオタワ行きに遅れた場合はまず、どこに連絡すればいいのでしょうか？H○Sさんに航空券の手配をしていただいたのですが、こことは関係あるのですか？初めて一人の海外で色々と心配です。トラブルがあった時の対処方法教えてください！

チケット販売した日本の旅行会社にカナダから電話してもどうしようもありません。自分で現地で対処するだけです。
国内線乗り継ぎの航空会社で、入国で時間がかかったからと言って次の便に乗れるよう手配してもらえばOKです。
案ずるより生むが安しの心でどうにかなりますよ。