今月末より３ヶ月カナダに観光ビザで語学留学する予定です。航空チケットですがアメリカ経由でカナダに入国した場合カナダの滞在期間もアメリカの滞在期間として数えられ、９０日を過ぎると帰りのアメリカ出国で不法滞在になると某代理店に言われました。もしカナダ滞在を延長したいと思ってもだめってことですよね。ということは高くでもアメリカ経由しないチケットをかわないといけないのでしょうか？それとも他にほうほうがあるのでしょうか？経験のある方おしえてください

上記の文章からでは、代理店の方は何をいいたかったのかわかりませんが、カナダとアメリカはまったく違う国なので、当然VISAの違います。なのでカナダのVISAはに入国したときからのCOUNTになります。ただしVISTERでこられるのあれば、帰りのチケットがないと入国の際に、IMMIGRAで止められます。OPENチケットを購入したほうがよいかと思います。
　

結論としては大丈夫な筈ですが、以下の点に注意する必要があります。

アメリカ入国時には ビザ免除プログラムが適用され、I-94W (緑色のカード）に記入し、半券を受け取ります。（パスポートにホチキス止めすることが多いです。）これは、アメリカ出国時に返却することになっています。これにより出国をチェックします。
しかし、アメリカから一時カナダに出国する際は、例外としてI-94Wを回収せず、元のI-94Wを使ってアメリカに再入国することがが認められています。そこで、アメリカからカナダ行きの飛行機に乗る際や、カナダ入国審査ではI-94Wを回収しないことが多いです。入国審査官によっては黙っていても回収する人がいますが。（例えば、アメリカから日本に帰国する際には搭乗時にI-94Wが回収されます。）
りのさんの場合、カナダ入国時にI-94Wが回収されず、そのままカナダに９０日以上滞在してしまうと、アメリカ側では不法滞在と見なされてしまう可能性があります。したがって、カナダ便搭乗時またはカナダの入国審査の際に事情を説明して、I-94Wを回収してもらう方が良いでしょう。もしI-94Wを所持したままカナダに入国した場合、期限（一般には米国入国後90日）が切れる前にカナダ内の米国領事館等に相談すると良いと思います。
I-94Wを所持していない場合、カナダから米国経由で日本に帰国する際は新たにI-94Wを発行してもらうことになります。なお、visa waiver programの利用には10月からmachine readable passportの所持が必要ですが、日本で発行されたものなら大丈夫のはずです。
以上のように、ある程度英語で事情を説明したり交渉する力があれば、米国の法律に違反するわけではないので大丈夫です。ただ、上記の説明で不安を覚えるようであれば、直行便にした方が良いかもしれません。
なお、３ヶ月以内にカナダから米国にちょっと遊びに行ったりするときは、I-94Wが残っていると便利です。（特に車で米国に行く際、有効なI-94Wを持っていないと US$6程度支払って新たに取得する必要があります。）ただし、期限が切れる前に回収してもらうことをお勧めします。


　

すみません、Res. 2で何が大丈夫なのか明記してませんでしたが、「アメリカ経由でカナダに入国して９０日以上滞在しても、（I-94Wを有効期限内に回収してもらえば）大丈夫」ということです。代理店の方はI-94Wのことを心配されていたと思うので、根拠のないことではなかったと思いますが少し説明不足ですね。


　

クエン酸さん詳しい説明ありがとうございました！私も大丈夫だと思って代理店の人に説明しても無理ですの一点張りですごい不安になってたんです。私はカナダ入国後もアメリカに旅行したいのでＩ−９４が切れる前に領事館に行って説明します。パスポートの件もＯＫです。どんどん厳しくなってきていてたいへんですよね。でもこれで安心して旅立てます！！本当にありがとうございました。