コンピューターサイエンス専攻ですが、今回ウォータールー大とマギル大の修士課程に受かりました。マギル大の奨学金は今選考中ですが（取れる可能性は低いと思います）、ウォータールー大は、TA/RA含めて、$28,426.45(年間）です。マギル大のほうが海外で有名だと思いますが、ウォータールー大はカナダ国内では理工系のトップ校です。どちらにすればよいのでしょうか？

Waterlooも名前が通っていますよ。
コンピューターサイエンス専攻なら、勿論Waterlooだと思いますが、、
McGillで良いのは医学系程度ですよね。 　

ウォータールーのほうがマギルより有名なんじゃないかな。特にコンピューターサイエンスでは。あとマギル大も海外では無名に近いんじゃないですか。一般的にカナダの大学で、海外、ＵＳ以外で名前が通ってるのってトロント大学ぐらいじゃないのかな。 　

知名度で選んでも仕方がないんじゃないですかねえ？
どっちの大学がより多く自分の望むものをもっているかでしょう。
卒業後、もしカナダでの就職を希望されているなら
ケベック州よりはオンタリオ州の方が若干チャンスが
高いように思いますが。
コンピューターサイエンス専攻で修士課程に受かって
どっちの大学か迷ってるなんて、贅沢な選択ですねえ。 　

卒業後はアメリカの大学院のコンピューターサイエンスの博士課程に進学予定です。どちらの大学も自分の望む研究が整っていますが、知名度も自分の望むもののひとつです。やはりアメリカの有名大学院に進学するにはカナダの有名大学院卒のほうが有利だと思います。もっともカナダの大学は一般的に国外では知られていませんが、トロント大やマギル大、ブリティッシュコロンビア大くらいまでは結構知っている人にはしられているような。で、ウォータールー大は理工系の人にしか知られていないような気がします。カナダでウォータールー大のコンピューターサイエンスといったら日本で東大卒のような注目を受けると思うんですが、グローバルな視野を（カナダ以外）もちたいですね。まあ、どちらの大学に行ってもよい先生の元でよい研究はできるんですけれど、今の自分にとっては究極の選択のようなものです。