要は日本では「自分の会社(店)人間が犯した間違いは、連帯責任である」という Group Oriented な文化があるからだと思います。これは良い悪いではなくて、これが農耕文化(全員が力を合わせて一つのことを成し遂げる)なのだと思います。日本人は小学生の時から班活動をさせられたり、全体主義的な教育をさせられてくるので、自分の属した組織がしたミスは自分のミスでもあると教えられてきたせいだと思います。
確かに Group Oriented な文化で育ってきた日本人が、連帯責任という文化を持たない店員に対し気分を害するのはわかりますが、もともとそういった文化を持たない人たちに、そういった考えを理解させようとしても無理な話だと思います(軍隊なら話は別ですが)。 今度そういったことで気分を害されたのであれば、実際にミスした人を探し出してミスを認めさせ謝罪させるのが一番です。自分がミスもしていないのに「ご迷惑をかけました、申し訳ありませんでした」と言わされるのは、北米では濡れ衣を着せられたのと同じです。