カナダ人の男性と結婚していますが移民申請はこれからでまだ日本の婚姻届も出していません。
移民申請するにあたって日本の婚姻届は必ず必要になってきますか？
いままだ親の扶養になっていますが医療保険の関係などでそのままにしています。
日本の戸籍を抜かずに（日本での婚姻届を出さずに）移民申請はできますか？

日本の戸籍と、移民申請はまったく関係ありません。
戸籍を親の元に入れたまま移民申請は可能です、
しかし、結婚している以上、（3ヶ月以内に）日本の方にも結婚届を出す義務があります。

また子どもが出来た時に日本国籍にしようと思っても、入れる籍が無いことになります、