maxxさんはケベックだから、少し違うのかもしれませんが、1年以上のビザを持っている人は、バッファローだけでなくマニラにも申請できます。日本国籍ならマニラには絶対に申請でき、他国の1年以上の滞在ビザを持っている人は、それに加えて滞在先の管轄(カナダの場合はバッファロー)にも申請できるという仕組みです。
マニラとバッファローは自動的に振り分けられるということはなく、申請時に申請者が選択します。ビザオフィスによって使う用紙も一部違いますし、必要な写真の枚数も違います。健康診断の用紙にも、どのビザオフィスに申請するのか書かなければなりません。
どちらにしても最初はミシサガでスポンサーの審査をするので受理にかかる時間は同じです。審査にかかる時間は、
http://www.cic.gc.ca/english/department/times-int/05-fc-spouses.html に実績がありますが、少しマニラの方が早いですね。