カナダ移民の彼と結婚してファミリークラス国外申請をするつもりです。今、私たちはカナダと日本で離れているのですが、彼が日本に来るので、その時に日本で籍を入れて、それから申請をするつもりです。
日本で籍を入れるのに、お互い何が必要なのでしょうか？彼は移民なので、カナダ国籍ではありません。それも何か必要となってきますか？やはり市役所だけではなく、大使館とかにも行くことになりますよね・・・彼の日本滞在期間が限られていて、どうしていいのかよくわかりません
知ってる方は教えてください！

市役所で聞くのが一番だと思います。
用紙や見本も市役所にあります。
いくらここで聞いても、市役所の職員が、「これでは受理できない」といえば終わりです。滞在時間が限られているなら、あらかじめ準備しておいて、担当の職員に確認してもらうのが一番確実です。 　

彼は日本の方ですか？それともカナダに移民したほかの国の方ですか？？ 　

Res１さんのおっしゃるように、受理するのは市（区？）役所な訳ですから、受理する側に聞くのが一番と思います。
あと、彼が日本人以外の人であるなら、市役所によってはパスポートだけでは足らず「出生証明書のコピーを取らせてくれ」と言われます。これは日本ではとれないので彼に取得して貰ったほうがいいです。訳文も必要ですが、翻訳証明が必要かどうかは自治体によって違います。婚姻要件具備証明書が出せる国の場合も提出を求められます。日本に大使館があればそこに聞いてみるといいと思います。でも申請してすぐ貰えるとは限らないので事前に準備できることはしておいたほうがいいですよ。
私の夫はカナダ人で日本で入籍したのでタマゴさんのケースとは違うと思いますが、とにかく入籍する先の自治体に電話なりで確認されることをお勧めします。 　

Res3です。
ごめんなさい。出生証明書は日本ではとれない、というのは間違いですね。大使館があれば取得できるかも知れませんし、訂正しておきますね。 　

補足ですが、日本で結婚する場合に、関係してくるのは相手の方の国籍であって、カナダ移民というのは何の関係もありません。Res3さんのおっしゃっている大使館というのも、相手の方の母国の大使館であって、カナダ大使館に行ってもサービスは受けられませんので注意してください。自治体に相談するときも、相手の国籍だけを伝えれば十分です。カナダ移民だというとカナダ国籍と間違えられて、話が混乱する可能性のほうが高いと思います。

カナダに移民した日本人と結婚されるのなら、単に日本人同士の結婚で、日本在住の方と結婚するのと同じです。