コールセンターに確認した方がいいと思います。
できれば2、3人に聞いてください。
そわそわさん、Res.2さんのおっしゃっているのは、ガイドの
You may not sponsor your common-law partner if:
You have lived apart from him or her for at least one (1) year and you or they are in a common-law relationship with another person.
http://www.cic.gc.ca/english/applications/guides/5289E2.html#wp1018542の記述だと思いますが、これは1年間の同居が成立した後の話です。コモンロー関係が成立した後であっても、1年間別居し、かつ他の者と同居している場合はコモンローパートナーとして認められないことがあるという意味です。
トピ主さんのように、コモンロー関係がまだ成立しない場合については、マニュアルに記述があります。もしもそれを厳格に適用すると、また0からカウントし直さなければならなくなるようです。
5.34 What is cohabitation?
.....Where there is a break in cohabitaion before the end of the one-year period, the tally towards to one-year calculation must begin again.
http://www.cic.gc.ca/manuals-guides/english/op/op02e.pdf、p.19
でもたった3日のことですし、現実にはそこまで厳格に適用しないような気もします。また、コモンロー関係は成立しなくても、コンジュガルで審査してもらえる可能性もあります。実際に、コモンローパートナーで申請したけれど、要件を満たさないと審査官が判断してコンジュガルに変更して審査し、無事に永住権が取得できた例もあります。
ともかくCICに確認されることをお勧めします。うまくいくことを祈っています。