申請者の責任は診断を受けるところまでなので、その後のことは気にする必要はありません。「3.Visa office that will be processing the file」のことで迷っているのであれば、移民申請の管轄事務所はあくまで「マニラ」です。実際に、診断書がどこを経由してどこに送られようと、変わることはありません。
私の知る限り、そのドクターがマニラのREGIONAL MEDICAL OFFICEに送るというのが正しい手続なんですけどね。他のサイトで元ビザオフィサーも、そう答えています(ロンドンや北京の例ですが)。でもカナダで受診する人は、オタワに送る場合がほとんどなので、全部オタワに送ってしまっているカナダのドクターも少なくないようです。オタワがそのあたりはうまくカバーしているみたいですね。