過去ログに何度も書いてあると思うのですが、国外申請とは、カナダ国外のオフィス(日本からの場合はマニラ)が管轄となるという意味であって、本人が国外にいる必要はありません。どこから書類を送るかは全く問題ではありません。全部の書類をカナダ国内から送ってもいいですし、本人の住所がカナダ国内でもかまいません。
無犯罪証明書は、後から追加で送ればいいです。申請時にはその旨書いたレターを同封してください。在日カナダ大使館のサイトからのコピーを貼っておきます。ご参考まで。
Question: I lived in Canada for a while should I provide a police certificate from the RCMP?
Answer: (略)You do not need to wait to receive the RCMP certificate to submit your application. Include a letter with your application stating that your requested the certificate. Once you received the police certificate wait until the visa office contact you, or if you already received your file number from the visa office, (it begins with the letter B), send the certificate to the visa office.
http://www.canadanet.or.jp/i_v/im/fcqa_e.shtml