移民申請をして却下される事はあるのでしょうか？また、却下率はどのくらいなのでしょうか？

答えになるか分かりませんが、カテゴリーにも因ると思います。
トピ主さんは何のカテゴリーでするつもりなのでしょうか？
個人移民より結婚移民の方が実際移民できる率が高いですし。
知り合いが個人移民で申請したとき、１度目はだめでしたが、再度申請したら、通りましたよ。 　

ポイントがパスマークに達していなければ、余程のことが無い限りまず却下ですよね。
でもパスマークに達している場合、どうなんでしょう。
どこかの移民コンサルタントのサイトには、申請者の多くが、ポイントが６９から７２だったかな？その範囲なんで、年間の移民受け入れ人数も決まっている為、３、４倍の倍率になるから、それ以上のポイントに達していた方がいいとかって書いてありました。
面接で、面接官と相性が悪くて却下されるというケースもあるでしょう。
私の知り合いでは、健康診断で却下されました。
　

まず移民したい人（個人移民）の人は現在の規定をCICなどのHPで確認します。そこで大体の合格ラインに達しない人はまず無理です。時間とお金の無駄です。でも「いけるかな」って感じの人は合格する場合もあるので、結果的には合格の可能性のある人しか申請しないので、却下率は以外に低いと思います。