書類が整い次第、申請できると思います。もちろん、パートナーの方との1年以上の同居が証明できることが条件ですけれど。
ガイドによると、2人のどちらかがまだ他の人と結婚している状態であっても、その配偶者と1年以上別居していれば申請できます(下記参照)。つまり同居期間の1年丸々、別居中の配偶者がいてもかまわないわけですから、その一部で離婚が成立していなくても問題ありません。
コモンロー関係は、「実質的に夫婦」という事実を重んじる制度ですから、ともかく1年同居しているという事実さえあれば認められるはずです。
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Either of you is legally married to someone else, unless you have lived apart from that spouse for at least one year.
(ガイド6ページ、
http://www.cic.gc.ca/english/pdf/kits/guides/5289E.PDF)