>なおちんさん、
カナダから配偶者として移民申請をする場合、国内申請と国外申請の2つの方法があって、自分の都合に合わせてどちらでも自由に選べます。
国外申請の場合は、申請中、国外に出てもまったく問題ありません。
この方法の不都合な点は、カナダ滞在ビザを延長できる保証がないことです。ただ、なおちんさんの場合は10月までワーホリビザがあって、それが切れる前に日本に帰り、今度はビザ免除でカナダに戻ってくるわけですよね。そこで普通に6ヶ月滞在を許可されれば、それが切れるまでに永住権が取れるのではないでしょうか。
国内申請の場合は、申請中国外に出られません。というか、出るのは自由ですが、再入国を拒否された場合に申請が無効になります。
それぞれの申請方法については、CICのサイトで確認してください。
●国外申請
http://www.cic.gc.ca/english/applications/fc.html●国内申請
http://www.cic.gc.ca/english/sponsor/in.html蛇足ですが、移民申請に必要な無犯罪証明書は、日本のものが申請から約2ヶ月、カナダのものが5ヶ月かかりますから、早めに手配しておいた方がいいですよ。日本の無犯罪証明書の申請には、戸籍抄本が必要です。戸籍抄本は出生証明等にも必要なので、3通くらい送ってもらったほうがいいです。健康診断もそろそろ受けておいてもいいかもしれませんね。
結婚前でお忙しいとは思いますが、申請準備のほうも頑張ってください。