こちらに来て約２年半が経ち、そろそろ移民を考えています。skilled workerでの申請を考えています。自分で計算すると移民申請の点数には達しており問題はないと思います。ただこの間に３回、期間にして９ヶ月近く日本に戻りましたが移民申請にかんして何も問題ないでしょうか？カナダ滞在中は学生ビザです。

そういうことは何にも関係ありません。

ちなみに期間計算が関わってくるのはカナダ市民権申請時です。（通常は移民後丸3年カナダに滞在していると申請出来ますが、2年で申請出来る場合もあります。移民直前に滞在期間が2年あれば半分の1年をプラス出来るので丸3年滞在となるからです）