ビザ取得後カナダに入国し、4年間のうち3年以上滞在しないとカナダ国籍取得の権利がもらえないですよね。もし、滞在期間が3年に満たない場合、永住権はどうなるのでしょうか？剥奪されたりするんでしょうか？

永住権は、5年のうち2年カナダにいれば大丈夫です。それに満たない場合は、永住権を剥奪されることになっています。ただ、この新法が施行されてまだ5年たっていないので、適用されたことがなく、実際どのように運用されるかはわかりません。

詳しくは↓
http://www.cic.gc.ca/english/newcomer/res-oblig.html 　

現在は移住ビザは5年間の内、2年カナダ居住ということですけど。（継続で3年は海外に滞在可能になった）
2年の期間が満たされてなければ、当然権利を失う訳だから、次回はPRカードが発給されないのではと思う。新移民法になったので、そういう該当者が出るのはまだ先の話しで誰にもわからない。

移住後の国籍取得は申請する日から過去4年のうち3年カナダ滞在期間が要るだけの話しで移民権と混同しない方がいいのでは。
勿論移住後3年が過ぎれば確実に期間を満たしてるので国籍申請可能。

また、4年間の内、移住して2年間滞在期間があり、残り2年間は他のビザで滞在していた場合はその半分の1年が期間として認められるので通算3年となり国籍申請が可能です。