ちょっと状況が複雑そうですが、まず移民申請に関しては旧姓のままで問題ないです。ただし、パスポートの記載事項に変更があった場合は、最終手続き前に移民局に報告する必要があります。(PRカードの名前はパスポートの名前になるようです)
それから、ご主人の名字が変わるとのことですが、Legal Name Change の手続きをして、Citizenship Card を再申請すればいいのではないでしょうか? ただ、ここからが問題で、もしさぶさん自身、その新しい名字にしたいのであれば、さぶさんもLegal Name Changeの手続きをする必要があると思います。(マリッジサーティフィケート記載の名前はご主人の旧姓のままでしょうから、それだけでは「夫の姓」を証明できませんので)その名前をパスポートとPRカードの名前にできるか?という件に関しては、日本でどの名前を使うか次第ですね。日本の婚姻届は結婚から3ヶ月以内に提出の義務がありますので、既に期限が切れていますが、受け付けてはもらえると思います(もしかして罰金があるかも)。そして、配偶者の名字に変更するのも、結婚から半年以内ならカナダにある日本領事館で簡単にできますが、それ以降は日本の家庭裁判所に申し込みをしなければなりません。また、ご主人が「カナダ市民権保持者」とのことですが、日本国籍もお持ちなのでしょうか? 夫婦別姓が認められていない日本では、日本人同士で結婚した場合は、どちらかの名字を選ばなければなりません。パスポートの名前も当然変更となります。ただし外国人と結婚した場合に限り、旧姓維持もできます。この場合は、配偶者の名字を、自分の名字の後に()入りでパスポートに記載することもできます。
もしご主人が二重国籍の方で、それを日本側に知られたくないのだとちょっと問題かもしれません。
とりあえず日本側の名前の手続きに関しては、こちらを参考にされてください。
http://allabout.co.jp/relationship/kokusaikekkon/subject/msub_tetsuzuki.htmまた、アルバータ州の政府サイトで、Legal Name Change や結婚についての手続きがわかると思います。
http://www3.gov.ab.ca/gs/information/vs/marriage_info.cfm基本的にカナダでは、国籍のある国のパスポートの名前と、自分がカナダで使う名前は同じでなくても大丈夫です。ただし、これが配偶者の名字を名乗るだけならとくに手続きは必要ありませんが、ミドルネームを足す場合、二つの名字をくっつけて使用する場合などはLegal Name Changeの手続きが必要です。