国内からの移民申請の際、日本の住民票は
抜いてないとダメだったりするのでしょうか？
健康保険も年金もそのまま払い続けているし、
これからもしばらくそうすると思うので
ついつい抜いていないままの状態にして
こちらに約2年ほどいるのですが...。
このままだと移民申請にどこかで支障がでますか？
ご経験のある方、ぜひお話を聞かせてください！

全く関係ありませんよ。世界中から移民を受け入れているカナダ、相手国の管理システムまでいちいち把握できるはずがありません。
ただトピ主さんのおっしゃるように、住民票を抜いていなければ、住民税、国民年金、健康保険を払わなければなりません。住民票を抜けば、年金は任意になり、健康保険には加入できなくなります。 　

さっそくのご回答、ありがとうございました！
そうですよねー。わかるわけないですよね。
コモンロー申請は一緒に住んでいること、
これからも一緒に住み続ける意志があることが
重要だと思ったので、もし住民票を抜いていなければ
その意志を疑われるじゃないかとか、
ついついそんなことまで考えてしまっていて。
おかげさまですっきりしました！本当にありがとうございました。