個人移民で申請を考えていますが、現在カナダ在住なのでバッファローへ申請し、その後日本へ帰国。移住権取得後、再度カナダへと考えています。よって、住所は日本の住所になると思いますが、これは可能なのでしょうか？それともマニラに申請するべきなのでしょうか？

トピ主さんが日本国籍だとして、申請時に1年以上有効のカナダのビザを持っていれば、バッファローでもマニラでも申請できます。そうでなければ、マニラ申請になります。
バッファローに申請後、住所を日本の住所に変更することはなんら問題ないと思います。ただし、面接があった場合、マニラ申請であれば日本で受けられますが、バッファロー申請の場合は北米まで行かなければならないので、そのあたりも考慮して申請先を決められるといいのでは。