どのように使い分けされてるのでしょう？ カナダを出国時、入国時、先方への入国時、出国時にどの様にされてるのでしょうか

一つの渡航で二つ持つことはありません、とくに日本で荷物検査の時に見つかったらその時点で日本のパスポートを失います。さらに二つを使って出国のスタンプと入国のスタンプがあわなければイミグレーションで問題が起きます。
危うきには近寄らず 　

すみません、日本とカナダのパスポートを持っていると解釈してよりしいのでしょうか？それとも違う国？？ 　

日本ではなく他国の場合ではどうされてるのかなと疑問におもったのです。 　

私の主人はイギリスとカナダのパスポートを持っていますが長期滞在ではない限りカナダのパスポートだけ使っています。
二重国籍を認めている国のパスポートであれば入国審査で二つのパスポートを出しても何の問題もないですよ。
もしどちらかか二重国籍を認めていない国であればカナダのパスポートだけ持っていくことをお勧めします。