私達（日本人カップル）は、ワーホリでカナダに滞在していますが、今後、移民を考えています。もし、どちらかが移民申請を通ったとすると結婚していれば二人ともカナダに移民できるのですか？一人だけ申請が通った後、結婚する場合と結婚した後、一人だけ申請が通った場合はどう変わってきますか？

結婚していたら､ファミリークラスで扶養者を書く欄があったような気がします｡その場合､2人分の生活力を証明しないといけなくなるんじゃないかなぁ？って単純に思っただけで､はっきりしないのですみません｡

申請が通った後に結婚する場合は､手続きをいろいろやらないといけないといけいないデメリットはあるでしょうね｡
どっちかが申請して､移民が通って､結婚｡こちらで結婚するにはいろいろ手続きもお金も掛かります｡婚約証明を出し､神父又はコミッショナー（結婚を証明してくれる人）に依頼して､結婚式､そこで書類を作ってもらい､結婚証明書を出してもらい（2週間くらい掛かる）､翻訳もして貰って､他にもいろいろな書類をそろえて､もう1人の申請を出す､といった感じです｡
1番早くやるにはコミッショナーに頼む方法でしょうが（神父で教会でやるとなると半年待ちとかだそうです）､それでも書類を翻訳してもらったり､いろいろで結構2−3ヶ月は掛かってる人が多い｡申請に出して､また少なくても半年くらいは待ってるみたいだし､その1年は何も出来ないかも｡（働いたりも､もちろん出来ないし）

その点､結婚してて申請に出せば､申請は1度で済むかも｡どっちが通り易いとかは､全然分からないけど｡
って言っても､これは私の考えだけなので､参考にする程度で､本気にしないで下さい･･･
って､役に立ってなくてすみません｡ 　

個人移民 （skilled worker）を考えていらっしゃるんですよね。
結婚した後なら、片方を主な申請者、もう片方を配偶者として一度に申請できますよ。
片方が個人移民となった後、結婚すると、ファミリークラスの申請が必要になります。二度の申請になりますね。

もし、正式に結婚していなくても、夫婦同然に生活していらっしゃるのなら、片方を主な申請者、もう片方をコモンローパートナーとして、一緒に申請することもできますよ。 　

書き忘れましたが、コモンローパートナーは、1年以上同居してて、2人が夫婦として生活していることを証明するもの（連名のアパートの契約書や銀行口座などなど）が必要になります。この証明がちょっと面倒なので、もし結婚が近いのならその後の方がいいかもしれません。 　

日本人同士なら日本式で結婚できるんじゃないの？　カナダでサティフィケイトやなんちゃらとかより、領事館行ったら結婚届だせるんじゃないのかな？　それから弁護士さんにでも聞いてどちらのポイントが高いかとか、どっちがいいかと聞いてみたらどうでしょうか？　ポイントチェックくらいなら無料でやってくれるのでは？
　

結婚に関しては、レス4さんの言うとおりです。
必要な書類などは領事館のHPにあります。
http://www.vancouver.ca.emb-japan.go.jp/jpn/koseki.html#honyaku

あと、ポイントチェックは、http://www.cic.gc.ca/english/skilled/assess/index.html で
自分でできるから、試してみたらどうでしょう。 　

これからも２人でいられるなら結婚してから同時に申請する方が良いと思いますが。。。私はそうしました。