ファミリークラスの移民申請をする予定なのですが、カナダに3年ほど留学しています。今も留学中なのですが、カナダに滞在している場合は、
日本の無犯罪証明書とカナダの無犯罪証明書の両方がいるのでしょうか？

日本の無罪証明は基本的に必要ですが、カナダにも６ヶ月以上滞在歴のある方は必要です。