所得税を”2重にとられる”という解釈はちょっと違うハズ。
ただ、日本とカナダでは租税の計算方法・率が違うため、「日本で納めた税金額がもし仮にその該当収入額をカナダで稼いだときにカナダ政府に支払うべき金額よりも少なかった場合、その差額をカナダ政府に対して支払わなければいけない。」という規定だったと思います。少なくとも何年か前に私が調べた時はそうでした。最近はちゃんと調べてないので、もしかしたら変更されているかも知れませんが。
http://www.ccra-adrc.gc.ca/menu-e.html正直に日本での収入を申請するかどうかについては、個々人のリスクに対する考え方の違いに基づくものなので何とも言えませんが、少なくとも私は申請をしたことがありません。ただしそれは旧移民法下での話なので、2〜3年日本で働くとなるとどうなんでしょう?難しいかな?