Popup Adsは、JavaScriptを使用して、あるホームページを訪問すると自動的に出るようになっていることは多いです。または、悪質なプログラムを仕込まれた時です。
前者はJavaScriptのオン・オフを「インターネットメニュー」の「セキュリティー」で変更できますが、JavaScriptを使用したページが正しく見れなくなるなどの弊害があります。以下のようなソフトウェアを使い、自動的にすぐに閉じてくれるようにするというのも一つの手です。
http://www.vector.co.jp/soft/win95/net/se083390.html後者の場合、SpyBotやAd-AwareのようなSpyware対策ソフトウェアで免疫をしておくといいでしょう。