私もヤフーでは同じです。前見たことのある記事と新しい記事のURLが一緒だからだと思います。
PCはURLで履歴を管理していますので、記事の内容が変わってもURLが同じならば、来訪履歴ありと見なすわけです。
例えば、このレスを書いた時にサッカーの話題で、「選手にドイツ語を強要で波紋」となっているリンクは
http://dailynews.yahoo.co.jp/fc/sports/world_soccer/で、世界のサッカーの話題全般に使えるようなURLです。
時間が立てば、世界のサッカー情勢(?)も変わりますので記事が変わりますが、URLはワールドサッカー用として用意されていますので変わらないのです。
もう少し言えば、もし私がレスしてから中田が移籍という話が出てきたとしたら、上のURLに行ってもトップはドイツ語強要の話でなく、中田の移籍の話となります。
HPの履歴データは個々のPCに保存されるます。仮に他の人がトピ主さんのパスワードとユーザーネームを盗んで他のPCでアクセスしても、その盗んだ人が使ったPCに履歴が残るだけなので、トピ主さんのPCで来訪済みの色で示されることはないと思います。
ですので、トピ主さんがいない間に誰かがトピ主さんのPCを使っている可能性が無いわけではありませんが。。。それはないでしょうね。