フリーのアンチウイルスソフトを使っていましたが、ウイルスにかかってしまいました。何をしていいのかよくわかりません。それとウイルスにかかってるかどうかってどうやって調べるにでしょうか？

普通、ウィルスにかかっているかどうかはアンチウィルスソフトで検索して調べるのですが、それ以外の方法をお探しなのでしょうか？

アンチウィルスソフトを使用していて、ウィルスに感染したファイルが見つかった場合は、通常アンチウィルスソフトの機能を利用して駆除します。(ウィルスの種類によってファイルを削除したり、害のないフォルダへ移動したり等)

まずはアンチウィルスソフトでウィルスの検索をして、感染済みファイルが見つかったらアンチウィルスソフトに従って削除等の操作をしてみたらどうでしょう？ 　

これとか、関連ページよめばどうでしょうか。
http://www.mapletown.ca/study/column/detail.mt?column_id=10135 　

１．どんなウィルスに感染したか確認する。
　　オンラインで、マカフィーなどのサイト　　で無料ウィルスチェックができます。

２．該当するウィルスに対するワクチン
　　ソフトをダウンロードしてパッチを
　　当てる。
３．再度、ウィルスチェックして、一応、
　　少なくともウィルス感知ソフト的には
　　もうウィルスに感染していないかを
　　再度確認する。

この手順がいいのでは？もちろんOSの再インストールが一番いいのだろうけど。