インストールCDのバックアップはメーカーにもよりますが認められていますよ。
うちでは外付けのDVD−RWがあるので、ソフトのバックアップも問題なく取れています。Toast で、CDのコピーみたいなオプションがありました。ただ、ディスクをBootable(起動可能)にするのはbootCDというソフトを使う必要があるようです。これはどちらかというと、緊急用のシステムディスク作成用ですが...。私は使ったことないのですがウェブサイトはこちらです。
http://www.charlessoft.com/HDDに一端コピーしただけでコピーができないのは、OSXの場合不可視ファイルがたくさんあるので、HDDにCDの内容をコピーするときにそういうものがコピーできていないのかもしれませんね。ちなみにTinker Toolというソフトを入れると不可視ファイルも見えるようになります。
また、正規にソフトを購入し、ユーザー登録していればメーカー側が相談に乗ってくれるはずです。私は破損していたCDを交換してもらったこともあります。