DOS>Win3.1>win95>Windows98のセットアップで40GHDDをCとDに分けてしまいました。（方法が良くわからずFDISKでC1.99G,D37Gに分けてしまったと言うのが正確です。）が、全てをCに戻すことは可能でしょうか？最悪Dの内容は全て消去してもかまいません。宜しくお願いします。

全て新しくセットアップする場合にはスタートアップディスクを使って起動しFDISKを使ってパーティションを二つとも削除。新しくプライマリーパーティションを作って再起動、フォーマットしてからＯＳをセットすればいい。
現在のＣに入っているＯＳをキープしたい場合にはパーティションマジックで出来る 　

ご回答ありがとうございます。
特別なスタートアップディスクなるものはもっていませんが、これは標準のMS-DOSセットアップディスクのことで、DOSのセットアップ前にフロッピーからFDISKを実行するということでしょうか。時間があれば、また教えて下さい。
　

Windows 98ならウインドウズのコントロールパネル、アプリケーション追加削除でスタートアップディスクを作ることが出来る。
　

起動デスクを入れてPC電源ON.
A:>　で　Fdisk
3 を選んでCを削除、またEsc　に戻ってDも削除。
その後に１　を選んで新規にCドライブを作成。
最大を割り当てますか？　でY　を選択。
造ったCをアクティブにして再起動。
そしてFormat C:
A:> でSetup。
これでドライブが１つになってインストできる。非常に簡単。
解らなければまた質問。

　

Partition Magicっていうソフトを使えば、消去することなく結合できます。またパーティションのサイズを変更したりもできます。高いですけど（＄１００くらい）。
http://www.symantec.com/partitionmagic/
　

みなさま、ご回答ありがとうございました。
週末にインストールし直しか、PatitionMagicを検討してみます。