サイト定義のローカル情報でローカルルートフォルダを設定、
リンク管理オプションでhttpアドレスをいれればいいだけだと思いますが。
HPを置きたい各フォルダにindex.htmlを置きます。
例えばmari.comというドメインを持っていて
ケーキ屋と花屋のふたつのビジネスをしていたとしたら
http://www.mari.com/cake/でケーキ関連のホームページがあり
http://www.mari.com/flower/で花関連のホームページがある、
と思ったのですが、この理解は正しいですか?
この場合はサイト定義を2個つくればいいのです。
但し、リンク管理オプションのhttpアドレスはドメインではなく、
アップロード先のプロバイダーなどの本アドレスを使った方が無難です。
アップロードがうまくいかず、とのことですが
この文だけでは、何が問題なのか第3者にはサッパリわかりません。
Dream weaverのチュートリアルをやってみてヘルプを事細かく読んでから
質問される事をおすすめします。
あとたまにFTP passive モードじゃないと受け付けてくれない
プロバイダーがあります。
とりあえず、Res.1の方も仰ってますが
サイト定義の設定が間違ってる可能性大です。
もう一度確認してみて下さい。