ＨＯＷ　ＡＲＥ　ＹＯＵ？　と　ＨＯＷ　ＡＲＥ　ＹＯＵ　ＤＯＩＮＧ？　と　ＨＯＷ’Ｓ　ＩＴ　ＧＯＩＮＧ？　の意味の違いってあるんですか？　だれか教えて下さい。

全部「元気？」「調子どう？」って感じ。
実際使ってみたら分かるけど、同じような返事がかえってくる。fineとかnot so badなど。How are you doingは「今なにやってんの？」という意味もあるけど、ま、蛇足ですね。 　

意味の違いはないと思いますが、How are you? よりも、How are you doing? や How’s it going? のほうが若干カジュアルだと思います。