はじめて会った時、Nice to meet you.と言われたらNice to meet you,too.と返すのがもちろんベストだと思いますが、カジュアルな場面などではMe,too.って言ったりしますよね？
では、最後、｢会えて良かったよ｣っていう感じでIt was nice meeting you.って言われた場合、返事の仕方はMe,too.でしょうか？それともYou,too.でしょうか？私的にはYou,too.だと思っていたのに人からMe,too.でしょ？と言われ、分からなくなってしまいました｡どなたか教えてください！

私も気になります。
でも日本語に訳すと「会えてよかったです。」だから「わたしも。」→ Me too. っていう原理でいいのですか？

それと Thank you. と言われて「こちらこそありがとう。｣って意味したい場合も Me too. でいいのですか? 　

私の解釈が正しいかは分かりませんが、ごくごくたま〜に、感謝の言葉を言う時、
“Ｉ　ｔｈａｎｋ　ｙｏｕ．”
と、いう人がいました。
つまり、Ｔｈａｎｋ　ｙｏｕはＩを省略した言葉・・・？
と言うことなので、返事は
“Ｍｅ，ｔｏｏ．”
で、良いのではないでしょうか？
違っていたらごめんなさい。
　

返事はyou tooではないでしょうか。

thank youって言われて、こっちがthank youだよ！って言うときは、
基本的にはそのままthank youですが、アクセントがyouにきて、No,thank YOU!ってかんじではないでしょうか。