もう終わった？という疑問文のときは、Have you finished it yet?でしょうか。それともHave you already finished it?でしょうか。yetは「まだ」「もう」どっちですか？ああ、混乱してきた。

自己レスれす。

友人に聞いたらいいことを教えてくれました。
yetは、その行動が行われたかどうか知らないor行われていないことがわかっている状況で、行われることを期待しているときに使うそうです。
alreadyは、行われたことを知っていて、そのことに対する驚きを表すそうです。

なるほど。
ということは、、、「（終わっていることを期待しつつ）もう終わった？」はHave you finished it yet?で、「（すでに終わっていることに驚いて）もう終わったの？」と聞くときはHave you finished it already?になるということかな。

長々と書いてしまいましたがきっと常識なんでしょうね。すんまそん。 　

Are you done? 　

Have you finished it?と現在完了で質問した場合、yet と already を加えた場合の違いのことですよね。

already はいきなり質問として発せられることは少ないと思います。res1でトピ主さんが言われたように、終わっていないと思っていたものが終わっていて、それに対して驚く時に質問形式で驚きを表すときの言葉に聞こえます。
基本的に、have you finished... という現在完了を使って質問しているのですから、already をつけなくても、終わったかどうかを質問しているかは明らかなところに、敢えて「以前」という意味の already を付け加えるわけですから「以前に終わってしまっている」ことを強調した表現になります。

yet の場合は、Res1で「行われていないと思われることで、行われることを期待するとき」と記述されていますが、もう少しわかりやすく言うと、単なる質問 Have you finished it? に、敢えて yet (=thus far：今のところは) をつけ加えることによって、この質問は今の時点のことを中間報告的に聞いているだけであって、今じゃない時点（未来）には必ず終わることだ、ということが暗にほのめかされています。日本語の「『もう』終わった？」に似ていますね（日本語で「もう××した？」と質問する場合は、その××が最終的にされることが前提です）。 　

ご丁寧にどうもありがとう。ますます理解が進みました！！！