仕事の上司の事なんですけど、

彼は仕事の間いつも腕を掻いてるから私がもしかして（上司に）アトピーじゃないのですか？って聞いたら彼は違うって言ったけど、私が聞いたあと病院に行ったら本当にアトピーだったの

Since he had always scratched his arm while he works,althought it said that it was different If you ask him that it possibly is not atopy in the meantime,when he was going to the hospital after I asked that,it was atopy truly.
文が長すぎて自分で何を言ってるから分からなくなってしまいました（笑）手伝って頂けるとうれしいです、お願いします*^-^*

私は翻訳家ではないので、正確には訳せないですが、英語で言いたいことを伝えると言うことでしたら、

Since he had always scratched his arm while he works, I thought that he has atopy. He denied it. But, later he saw a doctor and found he actually has atopy.

口語的すぎたらごめんなさい。これって英語のテキストブックにある翻訳とか試験問題ですか？それともトピ主さんの自己勉強法ですか？どれだけ元の日本語に忠実に英語に訳すかって言うのは目的によってずいぶん異なると思いますし。映画の字幕が元の口語英語からかけ離れた日本語訳になっていたりする様に。 　

僕だったらこう言います。

I asked him if he had atopy because he was always scratching his arm while working. He said no but later he realized that it was actually atopy when he went to the hospital. 　

You wouldn’t say ”Realized” as it wasn’t the boss who actually found out he had atopy...I would say;
”I asked him if he had atopy as he’s been scratching his arms at work all the time, he said no, but he went to see a doctor and found out he actually had it” 　

ありがとうございました、みなさんの文を使ってまた自分なりに勉強して考えてみます。勉強になりました*^-^* 　

ATOPY ではなくて、ECZEMAの方が良いと思います、

ATOPYは英語ではないと思うので、通じないかもしれません。