at first,when i saw it,I don’t know what did he think he doing is,but now i can understand what did he doing is.
{最初それを見た時、私は彼が何をしているか理解が出来なかった、けど今は何をしていたか分かる！}

I dont know who you areの時はＷＨＯ　ＡＲＥＹＯＵが逆になるけどこの時は私の文のwhat he doing isでもいいですか？いつもその変で混乱してしまいます↓教えてください。ついでに変な文なので正しくして欲しいです：）

When I saw at first, I didn’t know what he was doing. But now, I understand that(what he was doing). 　

At first I didn’t know （もしくは could not figure out) what he was doing, but now I know. 　

Who are you?
I don’t know who you are.
と同じで
What is he doing?
I don’t know what he is doing.
となります。 　

関係代名詞を含む節を、疑問文を元にして考えてると混乱するよ。

とりあえず疑問文は忘れて、関係代名詞 + 普通の文（節）と言う形で考える癖をつけた方がいいです。その際その節の中には何かが欠けていて、それが関係代名詞と対応しています。

余計混乱するかな・・・ 　

みなさんありがとう！！すごく勉強になりました。何となくは分かっていたけどいつも混乱してしまいます＾−＾；