ずっとゲイだと思ってた人が実はストレートだとわかって
「ごめん。あなたのこと勘違いしてた。」と言う時sorry, I mistook you. またはmisunderstood you.で通じますか？
できればゲイだと思っていたという事実は隠したいのでI thought you were gay.という表現は避けたいのですが。

｢勘違いしてた｣なんて相手に言うと、相手は｢なんで？なにを？｣って事になりませんか？
だからゲイだと思っていた事実を隠したいと言う事ですが、ちょっと会話の流れを想像すると、無理があるような気がします。

I misunderstood you . も、この場合ちょっと違うような気がします。｢（あなたが言った）意味を取り違えていた。誤解していた｣という意味になると思うのですが。

難しい。

どちらかというと、ゲイだと思ってた事は隠したいなら、あえて触れなくてもいい事のような気がします。

　

じゃ、敢えて触れたい場合は？ 　

I thought you were gay.

でいんじゃない？