日本へ帰国の際にJapanパスを購入しようかとおもってす。問題なのは日本のJRの窓口でスタンプを押される場合、カナダパスポートの日本入国スタンプをチェックするのでしょうか？
日本への入国は日本のパスポートでするつもりです。

ここでは国籍の問題を取り上げてませんので、その趣旨の方はご回答を控えてください。

よろしくお願いします。

ジャパンレールパスのことでしょうか？
外国に住んでいる証明が要ったと思います。だから、カナダのパスポートがあるんだったら、それを見せれば良いと思う。
JRは移民局でも、税関でもないんだから、入国のチェックまではしないと思います。
　

http://www.japanrailpass.net/ja/ja01.html
日本人以外の人は、パスポートをチェックされると思います（短期滞在として入国していることを確認するため）
日本人の場合は、他国に永住権を持っていること、あるいは日本国外に居住する人と結婚していることが条件になりますので、その条件を証明するものがあればよいと思います。 　

カナダ人の場合、パスポートに観光ビザのスタンプが押されていないと駄目です。観光以外のワークや学生ビザの人は対象外だったはず。ということは、もしトピ主さんがカナダパスポートを見せても、入国スタンプがなければ観光ビザ入国であることが証明できません。

http://www.japanrailpass.net/ja/ja01.html

日本人の場合、永住権を持っている証明（＝ＰＲカード）、または海外に居住する外国籍の人と結婚していることを証明する書類が必要とありますね。後者の場合、結婚だけならマリッジサーティフィケートで十分ですが、居住を証明する書類となると、カナダには住民票がないから何を提出すればよいのかわかりませんが、これのほうがまだ可能性がありそう？

トピ主さんが外国人と結婚していないのであれば、日本にカナダ人としてカナダパスポートで入国しない限り無理なんじゃないでしょうか。 　

そもそもパスは短期観光目的用に限定しているんだし、
普通に新幹線のチケットぐらい買えば？ 　

日本行きではいつもこっちでJRレールパスを購入して便利に利用してます。利用距離を考えて購入しないと意味ありません。

購入チケットは日本到着後、空港や指定の窓口でパスを発行してもらう手続きが要ります。
日本のパスポートでの入国なら移民であることの証明のPRカード提示が必要です。カナダ人なら当然、カナダパスポートなのでパスポート提示で、パスを発行してもらいます。そういうことを考えた上で購入しないとね。

パスも期間によって種類があるので、自分がその期間内にどれだけ遠くまで旅行するかによってお得になるし、例えば都内だけで利用とか名古屋のように私鉄などが発達しる地域などでならパスを買っても高いものに付いちゃいますよ。
　

皆さん助言ありがとうございます。
購入の件、検討してみます。