観光ビザでカナダに来ましたが来月帰国します。そこで、GST返還のしかたを知ってる方教えてください。また、どこに提出するのかも教えてください。

おみやげ屋さんで、用紙を貰って、中を読んで書き込んで、日本に行ってポストに投函するだけ。
すると、日本の住所にカナダからチェックが送られてきます。
１枚のレシートの合計が５０ドル以上で、申請する額の合計が○○ドル以上と決まっています。
アコモデーションも入ります。

おみやげやで聞くと親切に教えてくれます。 　

今は空港で帰国前にレシートに確認スタンプを押して貰う必要があると思いますよ。私は去年家族が来たときにやってあげたんですが、バンクーバーの空港でチェックイン前に並びました。荷物を実際に開けて見せなければならないときもあるので、スーツケースを持って並ばなければならないので、この並び時間も計算に入れておいた方がいいですよ。
http://www.cra-arc.gc.ca/tax/nonresidents/visitors/menu-e.html

手数料を取るエージェントのサービスについてはよくわかりません。よくおみやげ屋とかに置いてある派手な赤い封筒のものは手数料を取られるタイプだと思います。ガバメントの用紙はダウンロードも出来ますよ。