カナダ人夫と日本人の私のあいだに子どもができました。２重国籍にして本人に将来選択させようと思っています(それより、日本がそれまでに２重国籍を認めることを願っています）。カナダでの届は夫の苗字で届けるのですが、日本への届は私の苗字でできるでしょうか。結婚した際、夫は日本人ではないので戸籍にのらず、私だけの戸籍になっているし、日本人として届けるなら日本の苗字にしたいと思うのですが。

できます。と言うか、日本で届ける際にはそうするしかないと思います。例えご主人の苗字で届けたくても、入るべきその苗字の戸籍がないのですから。 　

Res.1さん、ありがとう。確認できてよかったです。 　

とぴぬしさんの日本の戸籍上の名字を御主人の名字に変更していないということですよね。
その場合、子供の戸籍上の名前は自動的に、戸籍主の名字と同じになります。

もし必要だとおもわれるならば、パスポートに括弧書きで、御主人の名字を入れる事が可能ですよ、