カナダで結婚をし、籍をカナダと日本と両方入れました。
２人ともカナダに滞在中で日本へ引き返すつもりはありません。
今回私が仕事の関係で日本へ行くので離婚の手続きを日本でしようと思っているのですが、（訳合ってカナダでは離婚できないので）
二人ともカナダに在住で離婚届を日本のお役所が受け入れてくれるのでしょうか？
また離婚届を受理されると何か証明書のようなものをもらえるのですか？
経験した方教えてください。

カナダ式で結婚して､それを元に､日本の方に婚姻届（領事館､大使館を通して）を出した場合､カナダ式で離婚しなければ日本の方の戸籍で離婚はできませんよ､

日本側が､とぴぬしさん夫婦がカナダ式で結婚していることw知らない場合は､領事館なり､大使館に離婚届を出せば日本でのみの離婚も可能です
http://www.vancouver.ca.emb-japan.go.jp/jpn/koseki.html
こちらの離婚届というところを参考に 　

＞＞訳合ってカナダでは離婚できないので、私が仕事の関係で日本へ行くので離婚の手続きを日本でしようと思っている

旦那は離婚に同意してないとか？ｗ）