私の子供達はカナダで産まれている為、日本とカナダの両国籍を持っています。 来年あたり子供達を連れて、日本へ長期の里帰りをしようと思っているのですが、この際の子供達のパスポートはどちらのものを持たせるべきなのでしょうか？

私はカナディアンのパスポートで帰っているのですが、両方あるといいと、日本の出国の時に言われました。
｢まぁ、でも、これはご両親の判断ですので、私たちはそうしろとはいえないのですが｣ともぼそっといってました。

日本に入国する時は日本のパスポートで、カナダに入国する時はカナダのパスポートを使えばいいそうです。

あと、外国人の入国審査の窓口が混んでいる場合があるので、二つあるとそういう時も便利です。 　

確か、来年からはカナダの国籍を持つ人はパスポートでの入国じゃないとだめなのかも。移民のＰＲカード導入とともに。ＣＩＣのＨＰにそんなことが書いてあったような．．．カナダに再入国するのであれば、カナダのパスポートを使うか、両方持っていることをお勧めします。