カナダ発　台湾経由　日本行きの航空券を持っています。

ストップオバーできないやつなんですが
(追加料金を払えば可）。

台湾から（日本行きを捨てて）タイに行こうと思っています。

追加料金を払わなかった場合。
荷物を預けなければ勝手に途中降機しても大丈夫ですか？

良いアドバイスをお願いします。

>台湾から（日本行きを捨てて）タイに行こうと思っています

荷物を預けなければ飛行機が台湾にストップオーバーした際に途中降機しても何も問題は無いですよ。