法律も変わり、これからは5年間のうちの2年以上カナダに滞在していないと永住権は無効になりますよ。
ですからぎりぎり3年間日本にかえるのは大丈夫ですよ。ただそのあと2年はまるまるいないとだめですけどね。
Longer absences from Canada Under the new Act, permanent residents may be outside of Canada for three years in every five-year period. This allows permanent residents and accompanying family members to be absent from Canada for longer periods of time without the risk of losing their status.
http://www.cic.gc.ca/english/irpa/fs-residents.html