自分がアパート自体を借りる場合でなく、誰かのアパートにルームシェアとして入る場合のことで教えてください。
JPの賃貸BBSなどで見ても、引継ぎではなくルームシェアの場合でもDepositやTOの金額が提示されていますが、その場合のDepositやTOは大家さんではなく、契約している家主の方へ払うということでしょうか??そうである場合、それらは自分の退去時にその方から返してもらえるものなのですか??なんの問題(家を汚したとか物を壊したとか)もなかったのに、戻ってこないなんてこともあるんですかね??
また、一般に表示されている家賃などは単純に割り勘した金額を提示しているものなんでしょうか??

ルームメイトを募集している方や、ルームメイトとして入った方、教えてください。

大家が承諾している場合を除き、デポジットを当事者同士で受け渡しするのは絶対にやめましょう。複数人でシェアしている場合でも、契約は大家とあなたの間で結ばないと、トラブルの元になります。