残ったカナダドルは帰る前にカナダで日本円に両替したほうがいいのか、それとも日本に帰ってからのほうがレートがいいのか？　初歩的な疑問なのですが、教えてください。

次にカナダに来る時の為に持っておく、と言うのはどうですか？替えたいのなら、カナダでTCを作るのがいいような気がします。 　

両替する場所によりけりだと思います。残っている金額にもよりけりで＄３０００以下程度ならどこで両替しても「大差」はでないはずです。
私が知っている限り、今は日本のＣＩＴＩＢＡＮＫでは両替のレートが仲値から１円で両替できるので、ここより良い場所は日本やカナダにはありません。いずれにしてもカナダに今後滞在する予定がなく、カナダに財産をおく予定が無く、＄３０００以上であれば日本の銀行宛てに（ＣＩＴＩＢＡＮＫ以外はカナダの大手銀行で日本円に替えて日本円での送金がいいかも）送金でもしたほうが良いと思います。
　

＞今は日本のＣＩＴＩＢＡＮＫでは両替のレートが仲値から１円で両替できる

それは送金レートですよ。現金レートは全然ちがいます。

ちなみに、ＶＢＣＥ（バンクーバー）では、カナダドル現金→日本円現金は、ほとんど仲値と同じレートで両替できるそうです。これは、両替商には、両替で日本円現金ばかりがだぶついてしまうため、逆の両替ではこのくらいのレート提示ができるそうです。