まったく同じかどうかは分かりませんが、ワーキングホリデーの方にも同様の注意書きがあり、そちらは出入国は問題ないそうです。
http://www.jawhm.or.jp/jp/visa/canada/index.htmlの一番下より抜粋。
※2001年カナダ・ワーキング・ホリデー・プログラムのビザの延長をした方へ
最近、カナダでワーキング・ホリデーの滞在延長申請をすると、延長された就労許可証(Employment Authorization)に ゛THIS DOES NOT AUTHORIZE RE-ENTRY. ” と記載されているようですが、日本人ワーキング・ホリデー参加者はこの許可証の有効期間中、出入国ができます。
この文に該当するのは台湾などの入国に査証(ビザ)が必要な人で、日本国籍の人は入国査証が免除されているので、ワーキング・ホリデーの場合就労許可証とパスポートがあれば出入国ができるので問題ないとのことです。