一番良い方法は、チケットを予約した旅行会社に連絡して聞くのが確実な方法だと思いますが、私の知っている限りの情報を書きますね。
USA-Vancouver-関空だと、原則として、乗り継ぎ扱いになるので、カナダに入国はしないで、USからの飛行機を降りた後、ターミナルの中で、直接、国際線の出発ゲートへ移動だと思いますので、普通の状態なら問題はないのではないでしょうか? ただし、サンフランでチェックインの時に、荷物を関空まで送る手続きを取る事が前提です。ただ、何かの事情で、変更される事もあるので、必ず、チェックインの時に確認をした方が良いですよ。(特に、ターミナルの中の移動でも、荷物を一度受け取る必要がある時があるので、その有無の確認など。。。)
乗り継ぎ方については、バンクーバー空港のホームページに載っているので、ご確認あれ。
http://www.yvr.ca/guide/around/connecting.asp?id=usa2intあと、2才のお子さんをお連れだという事は、エアカナダに頼めば、乗り継ぎの手伝いをしてくれるはずですから、チケットを予約した旅行会社に連絡をして、バンクーバーでエアカナダによる乗り継ぎの手伝いを頼む事をお勧めします。