２ヶ月間学校で休みをとってて、カナダでやることがないからという理由でフルタイムのビザを持ちながら２ヶ月間のパートタイムのコースをとっていたら、不法滞在っていうやつになるんですか？
（２ヶ月間のパートタイムの授業が終わればフルタイムの授業に戻ります）

不法滞在にはなりませんが(有効なビザを持っているので)、ビザ申請時の条件とは少し違った状態にあることは確かですね。でも、トピ主の場合、パートタイムは2ヶ月だし、その後はフルタイムに戻るわけですから、それほど心配する必要はないと思いますよ。