現在カナダに在住しPermanent Residentカードを持っている日本人女性と10月に結婚予定です、私も日本人です。結婚後Family class visaを申請します。この場合
*日本で入籍し、戸籍謄本をevidenceをbaseに申請する。
*カナダで結婚しmarriage certificateをbaseに申請する。
どちらが申請まで期間が短くすみますでしょうか。日本で入籍した場合彼女の苗字が変わるので、カナダでの変更手続きに時間がかかるのではと危惧しています。また審査にどちらかが有利・不利がありますでしょうか。
もうひとつ心配しているのは日本で入籍した場合彼女の苗字が変わりますので、スポンサー申請や、他の日常生活に影響がでませんでしょうか。
ご教示宜しくお願い申し上げます。
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同じ状況で今年移民してきた者です。まずは、ご婚約おめでとうございます。
下記、素人の体験を元にした話としてお読みください。

私たちはカナダで結婚したのでmarriage certificateを提出しました。それが無い場合(日本で結婚した場合)はどうなるのか分からないのですが…戸籍謄本の翻訳がそのままカナダのmarriage certificateの代わりになると仮定して、話を進めますね。

最初に言えるのは、カナダのmarriage certificateがあってもなくても、戸籍謄本とその翻訳は提出が必要になるということです。

＞どちらが申請まで期間が短くすみますでしょうか
→日本で結婚して戸籍謄本のみの方が、カナダのmarriage certificateが無い分早く書類を提出できるかもしれないですね。でもmarriage certificateも結婚してから1−2週間で届きますよ。

＞日本で入籍した場合彼女の苗字が変わるので、カナダでの変更手続きに時間がかかるのでは
→一番下のご質問への回答をご参照ください

＞審査にどちらかが有利・不利がありますでしょうか
→カナダのmarriage certificateがあるから審査に通りやすいということは無いと思いますが。重要なのは、二人の関係が本物である(＝偽装結婚ではない)と証明することですから。提出書類のつじつまが合えば、よほど運が悪くない限り落とされたり面接に呼ばれたりということはないはずです。

＞日本で入籍した場合彼女の苗字が変わりますので、スポンサー申請や、他の日常生活に影響がでませんでしょうか
→私たちもそれを心配していました。結婚の際にコミッショナーに確認したところ、苗字を変えたいのであれば運転免許、保険、銀行の口座など、それぞれ都合の良い時に別々に変更してください、といわれました。結婚を管理しているVital Statistics Agencyに"これからはこの苗字にします"とか、"夫婦別姓でいきます"なんて知らせる必要がないということですね。

ですから、奥さんがカナダで各種苗字変更手続きをする前でも(というかする予定が無くても)申請はできます。私たちの場合、提出した妻のPRカードコピーは旧姓のまま、戸籍謄本は私の苗字に変わったものでしたが、何の問題もありませんでした。

話はそれますが、手続きのことは別にして、カナダでの結婚もいいものですよ。私たちの場合、州の法律なので半分仕方なくセレモニーをやりましたけど、コミッショナーの前で"I do"と言った時のことを思い出すと、どんな時も妻を大切にしようという気持ちになります。

ごちゃごちゃと書いてしまいましたが、参考にして頂けると幸いです。
なお、上記は私の住むBC州の話です。ほかの州、特にケベックだといろいろと違いがあるかもしれません。

同じく日本人同士の結婚で、配偶者のPR申請を行いました。
Res1さんに追加で。

現在カナダにいらっしゃるようですので、
カナダにて日本式で結婚する場合には、領事館に届け出た書類が日本の戸籍に反映されるまでに
3週間ほどかかり、その後新たに戸籍謄本を日本から取り寄せ、それを元にmarriage certificateを
発行してもらう必要があり、それなりに時間がかかります。
スピード重視であれば、カナダ式で結婚し、その後領事館に届け出る方が早く済みます。

一時帰国して、日本で婚姻届けを提出されるのであれば、上の話はスルーして下さい。

私の時も、Res1さん同様に、パスポート、PRカードともに旧姓のまま申請をしました。
（前年のT4の書類なども全て旧姓ですし）
marriage certificateでは新たな姓に代わっていますが、申請書類もパスポートに統一し、
全て旧姓にて記入しました。参考までに。

ご結婚おめでとうございます。お幸せに！