私はPR申請時の書類一式に含むべき必須項目として理解したので、ミシサガに送るときに同封しました。
個人的な見解ですが、健康診断を後回しにすると、その分、審査の時間が長くかかると予想されるので、できるなら最初に一緒に提出するといいと思います。後回しにした場合、基本的にはCICから健康診断の受診指示が来てから受診、受診書類の送付(担当ビザオフィス宛)、結果の送受信(病院とCIC間)が行われ、これらが終わってから残りの審査に入るはずです。
受診の指示を受けて予約をする際に、その時も1カ月待ちだったとしたら、その分さらに審査時間が長くなってしまう可能性が高いように思います。
また、先に申請書一式を送り、CICの指示がある前に追加書類として健康診断の受診書類を送る場合は送り先に気をつけないと紛失される可能性もありますし、最初の申請時に一緒に送らないのであれば指示があってから受診されるのがベストな気がします。
ここで調べると、神戸には2人の医師が登録されていますね。
http://www.cic.gc.ca/pp-md/pp-list.aspx
健康診断は一年の有効期限と言われているので、審査途中の再診を避けたければ申請書を提出する直前に受けられたらなお良いと思います。つまり、健康診断を受ける頃には他のすべての書類が完成している状態で受診されるとベストかと。
お役に立てば幸いです。