シアトル着の航空券の方がバンクーバー着の鉱区券より安くなるので成田→（飛行機）→シアトル→（シアトル・タコマ空港で知り合いにピックアップしてもらう）→バンクーバーという経路でバンクーバーへ行こうと思っています。
移民申請をするための渡航で、ビザは観光ビザですが、アメリカはエスタで９０日有効、カナダは観光ビザで最長６か月（後で延長可能）です。

そこで質問なのですが、アメリカのイミグレーションで問題がないように、航空券を購入する際、復路は出発日の９０日以内にしておいてあとで日にちを変更した方がいいのでしょうか？

航空券の見積を頼んだ旅行会社はアメリカが９０日以内滞在OKなので、「89泊以内に第3国へ抜ける航空券をお持ちでないと、ご入国でできない可能性が非常に高くなります。」と言われました。。。。

ご存知の方、アドバイスお願いします。

正確には誰も回答できないと思います。なぜならアメリカの入国審査係官次第
だからです。カナダから帰国するときの予約を見せるのがベストではないかと。

カナダの観光ビザ延長についても、却下された場合どうなるのでしょうか。
シアトルに到着の日から90日以内の帰国予定を持ってるのが一番安全かと思います。

購入予定の航空券は往復航空券ですか？
なら、おっしゃるように、復路を90日以内にしておいたほうがよいのでは？
片道だと不法滞在を疑われてアメリカ入国を拒否される、危険性がありますよね。

カナダの入国ですが、「移民申請」と書いていらっしゃいますが
どのカテゴリーでの移民申請ですか？ビジタービザでの入国ならファミリークラスでしょうか？

移民申請のため、ということなので、滞在期間は半年間とカナダ入国時に
申請されると思いますが、長期滞在なので入国審査でもいろいろ聞かれると思いますよ。

Res1さんも書かれていますが、正確には誰も回答できません。
アメリカ入国もカナダ入国もそれぞれの入国審査官次第です。
問題にならないようにいろいろきちんと準備なさってくださいね。Good luck!

人の意見を聞こうというのが間違っている、自分で調べて実行、そして自分で責任を取る。